米国でのオミクロン変異体発見、PCRとシーケンシングの違い

Image to detect variants
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新型コロナウイルス、変異種の検査について

ブラックフライデーで購入したものが届き始めました。12月です。今年も残すところ1ヶ月となりました。授業を教えるのは今日で最後、来週の期末試験で今学期終わりで、早いです。学期末に行われる定例の学部、学科レベルの会議連絡がいくつか入ってきました。

米国で最初のオミクロン変異体発見

変異体の確認は大変

ファウチさんが言っていたように驚くことは全くありませんが、アメリカでもCOVID-19のオミクロン変異体に感染された方が確認されました。

California has reported the first U.S. case of the omicron variant

私が理解するに最初に確認されただけで、国外から最初にここにたどり着いたわけではないでしょう。通常のPCR検査か他の簡易検査を最初行い陽性、さらに急にオミクロン変異体が話題になったのでゲノムのシーケンシングをしてみたらオミクロン変異体がカルフォルニア州でいち早く確認された、という話だと思います。

お金の話をすると私がイメージするにPCR検査などと比べてシーケンシングは高価でさらに時間がかかります。

To catch variants like omicron, the world needs to sequence way more virus genes

検査会場としては患者が新型コロナウイルスに感染しているかどうかがまずは問題で隔離するかしないかを判断するのが大事なこと。極論それがアルファだろうとデルタだろうとオミクロンだろうと医療現場での対応はそれほど変わらないでしょうから。各州の検査現場にどのような指示が飛んでいるか分かりませんが、各サンプルをどこまでシーケンシングまで回しているかといえばそれほど多くないと推測します。お金がある所ならそれなりのサンプル数を全て確認するでしょうし、無い所、面倒だなと思う所であればシーケンシングには回さず、結果感染者がいようがいまいが「うちの辺りではオミクロン変異体は発見されていない」という話になると思っています。

一例ですが、CDCが援助する所もあるようです。

CDC takes over La Crosse area COVID-19 genome sequencing after grant money runs out

検査方法の違い

PCR検査とゲノム・シーケンシングによる検査の違いがわからない、という方が多いかと思います。私の理解の範囲でざっくり説明すると、PCRはウイルス遺伝子の一部を用いて検査をする、それに対してゲノム・シーケンシングは必要な部分もしくは全てを精査する、といった感覚です。

もう少し突っ込んで言えば新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)という大きな枠組みの中で部分的な変異により色々な変異種が特定されていますが、PCRは遺伝子が共通している一部分だけを使って感染を確認し、ゲノム・シーケンシングは特異的な部分を探して各変異種を特定する、というイメージです。

正しくはないですがさらに噛み砕いて説明すれば、川でフナ(=新型コロナウイルス)を釣るのに必要な餌(=PCR検査に使うプライマー)は一緒、だけど原産がどこでどんなフナかなどを確認するにはヒレだったり尾びれだったり鱗だったりと全体を観察(シーケンシング)する必要がある、ということです。あくまでも極端なこじつけですが、何となく理解出来ますでしょうか?

Sneaux day 2021

「sneaux」を読める方はルイジアナ通です(笑)。本来のスペルは「snow」なのですが、フランス語風というかこのあたりのケージャン風というかeauxは「オー」と読みます。この辺りでは、この文字列を持つ苗字を持った方が多いんです。例えば ArceneauxさんとかBabineaux、Boudreaux, Thibodeaux, etc。最初は全く読めませんでした。

さて掲題の「スノーデー」ですが、毎年12月にある大学の行事です。ここルイジアナでは滅多に雪は降りませんが、この日だけは大学内の一角に人工雪を降らせて冬を楽しみます。昨年はCOVID-19のために中止でしたが、今年は本日2年ぶりに開催されました。

私自身は授業を行った後なのでだいぶ遅れましたが、行ってみました。何だかよく分かりませんが、ものすごく並んでいました。何かもらえるのかも知れません。

making a line

こんな時はアメリカ人も行儀よく並ぶんだ、と思っていましたが、どうやらTシャツと何か飲み物を無料でもらえるようでした。途中Tシャツをもらうには別の列に並ぶ必要があることがわかったので、列を変えました。15分ぐらい待ったでしょうか、以下の長袖Tシャツをもらえました。

T shirt given away

長袖Tシャツは持っていなかったので、冬に重宝しそうです。実際雪がある場所にも立ち寄ったのですが、写真が取れていませんでした。従ってイメージ図を下に掲載します。ネットで拾った写真なので、もし問題があればすぐにお詫びして消去します。

Sneaux-day-image

まとめ

米国でも今後オミクロン変異体による感染確認例が色々な州から多く出てくると思います。NYタイムズの統計によれば、12/1現在の全米の感染者数は86,565人だったそうです(下図参照)。もちろん感染者数だけでなく入院患者や犠牲者の数も見る必要がありますし、オミクロン変異体感染による症状や重症度、ワクチンや薬などの効き目の変化も気になるところですが、結局のところ感情的にならず自分で出来ることをして予防する、というのが一番だと思っています。

Infected_dec1-2021

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